Ngày 2/12/1953, tại Chiến khu Việt Bắc, Ban Chấp hành Trung ương Đảng đã ra Quyết định thành lập Ban nghiên cứu Lịch sử – Địa lý – Văn học trực thuộc Trung ương Đảng. Ngày 4/9/1954, Trung ương Đảng và Chính phủ ra Quyết định chuyển Ban nghiên cứu Văn – Sử – Địa sang trực thuộc Bộ Giáo dục. Tổ Lịch sử được chuyển thành Phòng Lịch sử theo quyết định của Bộ Giáo dục. Năm 1959, khi Ủy ban Khoa học Nhà nước ra đời với hai bộ phận là Ban Khoa học xã hội và Ban Khoa học tự nhiên. Ban nghiên cứu Văn học – Lịch sử – Địa lý được chuyển từ Bộ Giáo dục sang Ủy ban Khoa học Nhà nước. Ngày 6/2/1960, Thủ tướng Chính phủ ra Quyết định thành lập Viện Sử học.